La nave habría tenido dos tramos cubiertos con bóvedas nervadas o por artesonado y su ábside rectangular se cerraría con bóveda de cañón apuntado tras un arco triunfal.
De una sola nave, su ábside es plano y es de fábrica de mampostería, con una pequeña y sencilla ventana, románica, abocinada, situada en la parte más alta del testero.
En esta zona se observa bien la técnica constructiva, típicamente bizantina, de mortero aligerado con grandes trozos de cerámica.
Es posible que esta arquería se hiciera mucho más tarde, para comunicar la nave central con otra más estrecha que ocuparía el actual callejón entre las calles de Ronda y San Pedro.
Entre estas dos pilastras, y a modo de cerramiento, se colocaron unas rejas que permitían una visión completa del interior del recinto.