Primeramente se instalaron los frailes de San Francisco, pero sin tardar las Clarisas lo hacen asimismo en la ciudad.
El papa Inocencio IV otorga bula, en 1246, permitiendo a la comunidad femenina de Valladolid que construyesen iglesia y monasterio.
Tan grandiosa obra hizo necesaria una transformación del templo, que recibió sobre todo un espléndido abovedamiento.
Quier decir, que se respetó la estructura del templo e incluso una gran parte de sus materiales.
Entre 1740 y 1742 el edificio fue reformado, pero en lo sustancial conserva su forma inicial del siglo XV.