Fue fundada en 1280, por la orden cisterciense, como parte de un monasterio y se terminó cuarenta años más tarde, en 1320.
[1] De 1142 data el primer monasterio cisterciense construido en este emplazamiento, junto con el templo dedicado a Santa María.
En 1421, el ejército husita atacó Sedlec, destruyó el monasterio y el templo resultó quemado.
En 1784 el monasterio fue cerrado por orden del emperador José II de Habsburgo.
Los gastos de mantenimiento del templo se distribuyen entre el gobierno checo (5,8%), el municipio (10,5%), donantes (76,8%), la Iglesia Católica (1,9%) y otros (5%).