El edificio no presenta características arquitectónicas similares a la del Paraguay, y tampoco puede enmarcarse dentro de un determinado estilo, ya que se encuentra inconcluso.
Sin embargo, su planta es de cruz latina, con una nave central y cuatro laterales (dos a cada lado).
Hacia el crucero, se ubican cuatro columnas unidas por arcos, las cuales sostiene el tambor con ayuda de pechinas.
Segundo asentamiento (1543-1697) Los relatos señalan que el gobernador Alvar Núñez Cabeza de Vaca ordenó la reedificación, en el lugar donde se hallaba anteriormente la casa fuerte.
Es su última y definitiva ubicación, sobre las calles Pilcomayo (hoy Eduardo Víctor Haedo), 14 de mayo, Humaitá.
La obra, está muy ligada a acontecimientos nacionales, también se convirtió en hospital de sangre durante la Guerra del Chaco (1932-1935).