[1] Actualmente muy pocos registros sobreviven de su existencia, aunque gracias a los archivos datados de la colonia encontrados en Guatemala se sabe que la iglesia fue construida durante la administración apostólica del obispo español Fray Jerónimo de Corella.
Su edificación sería entre 1555 y 1570 siendo de las primeras iglesias en Honduras.
Dicha iglesia se había construido como una parroquia, en visto que la única Iglesia en función en ese entonces era la catedral de la merced.
Después del terremoto ocurrido en Comayagua en 1808, las autoridades solicitan a la Real Audiencia de Guatemala en 1812, que en lugar de restaurarse el edificio este se derribe y se traslade para el barrio de Torondón, de mayoría indígena, el cual no poseía iglesia.
Gracias a una copia del plano original que existe en el Archivo de Guatemala y los grabados de la ciudad de Comayagua, en donde se ve su fachada principal la se puede decir que poseía un diseño modesto con varias decoraciones ornamentales.