La religión principal en Guinea Ecuatorial es el cristianismo, al que se adhieren aproximadamente 85-93% de la población.
La mayoría de los cristianos pertenecen a la Iglesia católica (80-87%), mientras que una minoría son protestantes (5-7%).
En 1952, aún antes de la independencia, el gobierno colonial español cerró todas las iglesias protestantes existentes, debido a su fuerte relación con la jerarquía católica en España.
Durante la dictadura de Francisco Macías Nguema actividades religiosas se vieron considerablemente limitados.
Estas órdenes fueron revocadas después del golpe que llevó a Obiang al poder en 1979, pero muchas denominaciones, en particular los Testigos de Jehová, fueron prohibidos una vez más en 1986.
A partir de ahí se trasladaron al continente donde fundaron la primera congregación en Bolondo (ahora Mbini).
Se extendieron al interior del continente creando más congregaciones, así como escuelas y obras médicas, como lo hicieron también en la zona costera.
Varios misioneros norteamericanos trabajaron en la iglesia durante este período, pero lo abandonaron en 1968, poco antes de la independencia.
Es reformada por su teología y presbiteriana por su forma de gobierno, tal como se indica en su constitución.
La conexión con la EPC parece ser todavía muy influyente en términos de organización, administración y educación.