Aunque se presume que Genes pudo haber tenido más hijos no reconocidos o con otras parejas extraoficiales posteriormente, algo normal en la época de la posguerra en Paraguay.
En ese contexto, Ignacio Genes es movilizado junto con otros oficiales y soldados paraguayos para participar del conflicto.
[9][10][11] En 1868, ya con el rango de capitán, Genes llegó a ser ayudante del Mariscal López.
Para ello se desplazó junto con un contingente de 2000 hombres (en su mayoría niños mal armados) al norte de San Pedro del Ycuamandiyú en una zona conocida como Loma Ruguá, donde se libró el Combate de Loma Ruguá, en el que las tropas paraguayas al mando del coronel Ignacio Genes fueron rodeadas y se tuvieron que rendir, por lo que Genes fue capturado y llevado como prisionero de guerra a Brasil, donde permaneció unos meses hasta 1871.
En 1873 se unió a una de las tantas revoluciones encabezadas por Bernardino Caballero en contra del gobierno paraguayo, en ese entonces presidido por Salvador Jovellanos.
En 1874 los rebeldes se hicieron con el poder y asume la presidencia Juan Bautista Gill.
A estos sublevados se les unió el expresidente Cirilo Antonio Rivarola que se encontraba en Barrero Grande y que logró juntar unos 400 hombres de otros pueblos del interior del país para marchar hacia la capital y hacer un golpe de Estado.
El 17 de abril Ignacio Genes y Patricio Escobar al mando de tropas del gobierno se enfrentaron y vencieron en Pirayú al bando sublevado de Cirilo Antonio Rivarola que tuvo que refugiarse en los bosques del interior del país y vivir escondido como guerrillero por un tiempo.
[24][25] Luego los policías fueron a la celda de Facundo Machaín quien no pudo librarse de sus grilletes aún porque eran muy anchos, Machaín al ver a los policías y darse cuenta de la situación suplicó por su vida diciendo: «¡No me maten que algún día seré útil para mi país!» Pero esto no impidió que igualmente le dieran un balazo y una puñalada, matándolo ahí mismo, los policías le robaron su bolígrafo, reloj, ropa y otras pertenencias de valor que encontraron.
La masacre continuó hasta que la situación se calmó y el motín fue completamente reprimido.
El gobierno oficialista había logrado su objetivo, eliminar a parte importante de la oposición.
[35][36] Muchos consideran a Ignacio Genes como uno de los primeros comandantes de policía del Paraguay que desempeñó correctamente sus funciones, manteniéndose siempre firme con sus órdenes y haciendo todo lo posible con los pocos recursos que tenía para mantener el orden público en el país, en una época donde había mucha inestabilidad política y conflictos civiles.