Sus padres fueron Mariano Castro, decorador del antiguo teatro Colón; su madre, Eustaquia Illescas.
Sus hermanos Máximo Castro y J. Francisco Castro, también músicos y este último pintor también.
Procreó tres hijos con su esposa Juana Chinchilla: Manuel María Castro, José Mariano Castro y José Domingo Castro, todos músicos.
Indalecio Castro se formó en la Nueva Guatemala de la Asunción con el violinista Máximo Andrino y el organista Víctor Rosales.
Obtuvo el reconocimiento internacional al ser premiado con medalla de oro por su Sinfonía La Exposición, presentada durante la Exposición Mundial de Chicago en 1893.