Su característica principal es que soporta transacciones de tipo ACID y bloqueo de registros e integridad referencial.
InnoDB ofrece una fiabilidad y consistencia muy superior a MyISAM (la anterior tecnología de tablas de MySQL), si bien el mejor rendimiento de uno u otro formato dependerá de la aplicación específica.
En octubre de 2005, Oracle Corp.
adquirió a la finlandesa Innobase, compañía que desarrolla InnoDB.
Estas son algunas de las diferencias entre los dos: