En 1948 se fundó el Servicio Agrícola Interamericano (SAI), que implementó estaciones experimentales en los diferentes agroecosistemas de Bolivia con financiamiento de Estados Unidos.
Otros cultivos de importancia nacional, como arroz, maíz y soja, fueron delegados a centros financiados por privados, como el Centro de Investigación Agrícola Tropical y el Centro de Investigación Fitoecogenética de Paiurumani (CIFP).
Solo tres de las once estaciones experimentales que tenía originalmente quedaron en manos del IBTA.
En los años 1990 la planta del Instituto se redujo en un 40%, los salarios perdieron poder adquisitivo y aumentó la intromisión del gobierno nacional en la selección de empleados, que se utilizó como botín para recompenzar a simpatizantes políticos.
[1] En 1997, luego de una investigación interna del gobierno que determinó que el instituto había tenido escaso impacto sobre los productores el mismo fue desmantelado.