Realiza investigación oceanográfica en apoyo a la seguridad marítima y en las operaciones navales en aguas nacionales, coadyuvando a las dependencias de la administración pública federal afines, en la definición e implementación de una política de explotación racional y adecuada conservación de los recursos marítimos de México, así como de preservar las condiciones del ecosistema marino en el mar territorial y zona económica exclusiva.
El 16 de octubre del año 2000 es regularizado cambiando su denominación a Instituto Oceanográfico del Pacífico, con sede en Manzanillo, Colima.
El 21 de enero del 2006 pasa a depender técnica y administrativamente de la Dirección General Adjunta de Oceanografía, Hidrografía y Meteorología y militarmente del Mando Naval en la jurisdicción.
En la actualidad el instituto Oceanográfico del Pacífico se encuentra ubicado en las Instalaciones de la Sexta Región Naval.
El Instituto Oceanográfico del Pacífico cuenta con 3 especialidades: