Su planta docente está conformada por profesores indígenas y de otros orígenes, forma parte del Sistema Universitario Jesuita (SUJ).
La enseñanza es en español y todos aprenden inglés; así como también los que son monolingües (sólo hablan español) tienen la oportunidad de aprender una lengua originaria; los que hablan alguna lengua empiezan con el proceso de lecto-escritura.
La integralidad es esa capacidad del pensamiento indígena para poner en relación objetos o ideas que para otras lógicas no necesariamente van juntas.
Este fortalecimiento cultural, unido al impulso al desarrollo -en el cual habrá que situar la búsqueda de sistemas educativos acordes a la realidad que viven- y a la defensa del derecho a determinar su propio futuro como pueblo, comprenden partes sustanciales de la llamada causa indígena en la que se inscribe el ISIA.
Pretende formar personas que por una parte sepan reconocer cómo nuestra actividad humana tiene sus raíces en ese patrimonio común, y por otra parte sepan situarse en este ámbito no de un modo pasivo, sino con una actitud creativa, crítica y responsable.
No se quiere atrapar o encerrar el conocimiento indígena para conservarlo inamovible, típico o folclórico, sino brindar a los alumnos la oportunidad de comunicarlo a un mundo cambiante y multicultural.
Esta situación demanda trabajar a favor de un paradigma para el desarrollo sustentable, que contemple el respeto por la naturaleza y busque generar procesos de gestión y producción que permitan a las personas satisfacer sus necesidades para alcanzar una adecuada calidad de vida; manteniendo una relación cercana con la naturaleza, en equilibrio con el uso, la gestión y la conservación del entorno.
Yäjk’ëxpëjkpë es quien educa o enseña, pero es también quien despierta a la persona (jä’äy), el ëxpëjkpë es el que tiene la posibilidad de aprender y experimentar; por lo tanto, la educación se da en la medida en que se construye el conocimiento por el expëjkpë y el yikëxpëjpë.
La formación se centra en la persona como un jä’äy, es decir, alguien que desde el contexto ayuuk es definido como persona y comunidad a la vez; se construye en la medida en que asume su identidad y reconoce la memoria colectiva.
Se entienden de la siguiente manera: Respeto: Reconocimiento del otro como valioso por sí mismo, condición básica para el diálogo intercultural.
Compromiso: Acuerdo por el cual las personas deciden libremente cumplir sus tareas y responsabilidades para la consecución de un beneficio común.
Inclusión: Apertura a todas las personas y posiciones, flexibilidad para acoger su situación personal.
Libertad: Capacidad de proponer, innovar, resolver, expresar y propiciar nuevos horizontes.