Como vicerrector fue elegido Santiago Bergé Vila, quien encabezó efectivamente la institución dado que el rector se encontraba mayormente en La Plata, capital bonaerense, abocado a su rol de ministro.
Con ello el perfil técnico-productivo que se le había otorgado a la Casa de Estudios desde sus orígenes se modificó y reorientó hacia un perfil más afín con las universidades tradicionales.
Se determinó que la Universidad Nacional de La Plata intervenga la Institución.
Por su parte, López Francés renunció a su cargo de rector y conjuntamente con un importante grupo de ex funcionarios provinciales sufrió una fuerte persecución judicial que culminó con su detención y confinamiento.
En octubre de 1955 las autoridades de facto designan a Pedro González Prieto como interventor y se delega el estudio de su reestructuración institucional a un grupo conformado por Vicente Fatone, Benjamín Villegas Basavilbaso, Eduardo Braun Menéndez, Ezequiel Martínez Estrada y Manuel Villada Achával.