Sin embargo, no fue hasta 1994 cuando el Instituto consigue una ubicación física diferenciada y empieza a funcionar como tal [6] .
Su ubicación inicial fue el edificio 6C del campus de la UPV, popularmente conocido como el edificio rojo, situado en la avenida de Los Naranjos junto al colegio mayor Galileo Galilei, compartido con el Instituto de Tecnología Química (ITQ), también centro mixto CSIC-UPV.
Ya en 2007 se trasladó a la Ciudad Politécnica de la Innovació (CPI), su ubicación actual.
Según la cláusula 1ª del convenio de colaboración específico entre el CSIC y la UPV por el que se crea el IBMCP, los fines y objetivos del Instituto están definidos en términos que recomienda la nomenclatura UNESCO.
Así, se pretende desarrollar y fomentar la actividad investigadora en los campos de la Biología Molecular (2415), Biología Celular (2407), Virología (2420), Ingeniería Genética (240902) y el Cultivo celular (240701).