Aunque es un organismo autónomo, su sede se encuentra en el complejo del Hospital Central de la Defensa, «Gómez Ulla», situado en el barrio de Aluche de la ciudad de Madrid.
Dispone de una dirección con un coronel médico al frente y una secretaría, una jefatura de estudios con una sección de apoyo y una biblioteca especializada.
El Instituto de Medicina Preventiva de la Defensa cuenta con tres servicios para cumplir con los fines que tiene encomendados: Este centro se creó como Laboratorio Histológico e Histoquímico del Hospital Militar de Madrid en el año 1885.
En 1893 se convirtió en el Instituto de Higiene Militar del Ejército con el objetivo de reducir el número de bajas producidas por las enfermedades.
Desde su apertura se dedicó a la elaboración de vacunas y sueros y, algunos años después, contribuyó al desarrollo de los análisis clínicos y la medicina preventiva en España.