La creciente del río Negro, como consecuencia de intensas lluvias producidas en la alta cuenca del Limay en los meses de mayo y junio, avanzó desde el Alto Valle llevándose todo por delante.
Para el día 20 llegaban a Viedma las noticias de la destrucción total del Fuerte Pringles (hoy Guardia Mitre) y del Fuerte San Javier.
Los vecinos que habían permanecido en la ciudad fueron salvados por embarcaciones como el vapor Limay.
Habiendo pasado la inundación la capital del territorio empezó a reconstruirse pero por delante los viedmenses tenían el gran desafío de secar la laguna.
Finalmente, y sobre la base del informe elaborado por la comisión, el presidente dictó por decreto el 10 de mayo de 1900 a Viedma como capital definitiva del territorio.