Su padre, Lucas Puente García, nacido en Bustasur, fue oficial en el ejército carlista y al ser derrotado se exilió en 1876 a Francia.
En 1911 la familia se trasladó a Vitoria, donde ejercieron de farmacéuticos tanto su padre (Lucas) como su hermano mayor (Federico).
Las cuestiones de salud jugaron un triple papel en la estructuración del pensamiento anarquista en España, tras lo cual aparecieron a finales del siglo XIX.
La participación de los "sanitarios" en la corriente libertaria tuvo proporciones verdaderamente estructurantes, especialmente el papel muy activo desde el punto de vista ideológico, teórico y práctico de tres médicos, Isaac Puente, Félix Martí Ibáñez y Juan Antonio Lorenzo Benito.
Fue uno de los principales divulgadores del neomalthusianismo, el feminismo y las prácticas anticonceptivas.
Colaboró en prensa como divulgador de cuestiones de salud y sexualidad en revistas como Iniciales, Generación Consciente, Estudios —con el seudónimo «Un médico rural».—[15] u Orto, entre otras muchas.
Una primera experiencia política que acabó en decepción : desde su elección, dimitió pocos meses después de no haber podido cumplir sus promesas electorales.
Parece que aunque amenazado se arriesgó a atender a los heridos, lo que motivó su detención en su domicilio la noche del 28 de julio de 1936.