Posteriormente su hermano menor se convirtió en el Príncipe Esteban Bocskai de Transilvania.
Isabel nació como hija del húngaro Jorge Bocskai y su esposa Cristina Sulyok en 1550.
Entonces, mudó la sede de Transilvania a Cracovia y lo dirigió desde allá dejando a su hermano mayor Cristóbal Báthory como regente en el Principado húngaro.
Isabel Bocskai fue una entusiasta partidaria del protestantismo y lo promovió en Transilvania tanto como pudo.
Por otra parte, su hija Griselda Báthory (+1590) se casó con el canciller real Jan Zamoyski.