Era hija de Federico II Gonzaga, primer duque de Mantua y Monferrato, y de Margarita Paleólogo, heredera del Marquesado de Montferrato.
Su abuela Ana de Alenzón le legó propiedades francesas.
Sin embargo, su madre Margarita consiguió más tarde, gracias a la renuncia de Isabel (1564), establecer la propiedad para su tercer hijo, Luis, que marchó a Francia y dio origen a la rama Gonzaga Nevers.
En 1561 fue nombrada gobernadora de Monferrato por su hermano Guillermo, marqués de Monferrato.
[2] En 1885, la ciudad de Chieti, a través de la obra del superintendente Vincenzo Zecca, quiso recordar las frecuentes visitas de la marquesa a la ciudad, dando su nombre a la Scuola magistrale femminile, actual escuela profesional de Chieti en la Civitella.