Isabel María fue la hija mayor del pretendiente miguelista al trono portugués, el duque Miguel de Braganza, y de su segunda esposa, la princesa María Teresa de Löwenstein-Wertheim-Rosenberg.
Su abuelo reinó como rey hasta 1834 cuando María II fue restaurada.
Aquellos portugueses quienes reconocieron al padre de Isabel María como verdadero rey de Portugal la reconocían como infanta de Portugal.
Además, tenía tres medios hermanos mayores; entre sus hermanos completos destaca Eduardo Nuño, el cual sucedió a su padre como pretendiente al trono portugués.
[1] Isabel María y Francisco José tuvieron cinco hijos:[1]