Estudió su primaria en su poblado natal, viviendo su infancia y juventud en la hacienda El Tabor, en donde se dedicó al campo.
En 1888 se casó con Juana Gómez Hernández, con quien tuvo a sus hijos Francisco, Mariano e Ignacio.
Por el año 1908, al desatarse la crisis revolucionaria, Isidro se alistó en el levantamiento maderista.
Repartió por tanto sus bienes a sus hijos, reservándose para sí 10 vacas , 1 toro, 1 caballo y 1 establo en Autlán, Jalisco.
Isidro Michel se dirigió con su tropa a la plaza principal de la misma población, cayendo en una emboscada preparada por los caciques porfiristas José María Topete y Carlos Valencia, este último el mayor latifundista de la región.
Luego del levantamiento de Cleofás Mota, Michel y Ramón Romero salieron en su persecución.
El nuevo gobierno le encargó la dura empresa de perseguir y detener a Pedro Zamora.
En Centroamérica, y tal vez por influencia del movimiento guerrillero de Augusto César Sandino, conoció la visión marxista de la realidad y cambió sus convicciones políticas hacia este formato revolucionario.
Los bienes que le quedaban los repartió con sus hijos y formó otra familia con Aurora Gudiño, con la que procreó a Isidro, Zenorina, Mario, Adán, Eva, Berenice, Secundino, Godeleva, Salomón y Livier.