Es internacional con la selección de Bosnia.
En junio de 2013 declaró que quería jugar para Bosnia y Herzegovina en el futuro.
Dos meses después, la FIFA lo confirmó como jugador seleccionable por el conjunto bosnio.
Hizo su debut con Bosnia el 6 de septiembre de 2013, ingresando en el minuto 82 ante Eslovaquia por las eliminatorias del Mundial 2014 (derrota 0-1).
También ante la selección eslovaca y cuatro días después, Hajrović anotó su primer gol para Bosnia pasado un minuto de su ingreso al campo.