Para el Apertura 2007 y el Clausura 2008, la FMF colocó al Deportivo Iztacalco en Grupo VII de la Tercera División.
El Deportivo Iztacalco acabó el Apertura 2007 con 4 puntos, conseguidos por su "victoria", un empate y 12 pérdidas.
El equipo estuvo formado por exjugadores profesionales como Luis García, Jorge Campos, Francisco Gabriel de Anda, Roberto Medina y Careca III.
Al final del Apertura 2007, el equipo realizó pruebas a más de 700 candidatos.
Sólo 5 fueron seleccionados : Diego "El Gato" Reynoso (portero), Guillermo "RBD" Guzmán (defensor), Carlos "Piwi" Godínez y Aníbal "Robinho" Cruz (centrocampistas) y Giovanni "Guardadito" Pérez (delantero).
A consecuencia de ello, muchos miembros del equipo decidieron abandonar el club.
En la temporada 2013-14 el club terminó en la última posición del grupo IV tras haber conseguido 2 victorias y 28 derrotas.