Fue fundada como una organización sin fines de lucro en Suecia, pero ha cambiado su sede registrada varias veces.
Young Pirates of Europe se divide en dos órganos: el Consejo y la Junta.
El Consejo (European Pirates Instituted Council, EPIC) es el máximo órgano de JPE.
La Junta está compuesta por el Presidente, un Tesorero, el Secretario General y hasta otros cuatro miembros.
Para ello, les informan sobre las decisiones de la Junta y organizan las reuniones del EPIC.