El peor momento llega en diciembre del mismo año, cuando estando convocado para jugar contra el FK Austria Viena en partido de competición europea, secuestran a su padre, hecho que provoca su marcha a su país natal para intentar solucionar el problema.
Posteriormente y con su padre liberado, el jugador sigue sin convencer al entrenador y sin recuperarse emocionalmente, hasta el punto en que antes de disputar un partido de UEFA en Israel, decide fugarse a Brasil alegando problemas familiares.
Esta última circunstancia, sumada a las anteriores y a los buenos resultados del equipo, provoca que entre poco en juego, concretamente participa en nueve partidos y en sólo dos como titular.
Pero la gota que colma el vaso es un nuevo retraso en el entrenamiento previo al partido contra el FC Barcelona, causa por la cual Jonatas no entra ni en la convocatoria del encuentro ni en las siguientes y deja de contar definitivamente para el entrenador del RCD Espanyol Ernesto Valverde.
Ésta se produce al abrirse el periodo de fichajes en diciembre del 2007, al llegar el equipo catalán a un acuerdo de cesión durante 18 meses con el Flamengo por el que recibiría a cambio 900.000 euros y se ahorraría pagar la ficha del brasileño.