[1] Los nuevos participantes fueron, por un lado, los equipos descendidos de la J. League Division 1: Kashiwa Reysol, Tokyo Verdy 1969 y Vissel Kobe.
Por otra parte, salió subcampeón Kashiwa Reysol, quien también ganó su derecho a disputar la J. League Division 1.
Una victoria se puntuaba con tres unidades, mientras que el empate valía un punto y la derrota, ninguno.
Para desempatar se utilizaron los siguientes criterios: Los dos equipos con más puntos al final del campeonato ascenderían a la J. League Division 1 2007.
Fuente: J. League Data Site: 2006 J.LEAGUE Division 2 League tableCriterios de clasificación: 1) puntos; 2) diferencia de goles; 3) número de goles marcados; 4) resultados entre los equipos en cuestión.La llave terminó 1 a 1 en el marcador global, pero Vissel Kobe ascendió a la J. League Division 1 para la temporada 2007 por la regla del gol de visitante, al mismo tiempo que Avispa Fukuoka descendió a la J. League Division 2.