[1] Los nuevos participantes fueron, por un lado, los equipos descendidos de la J1 League: Matsumoto Yamaga y Montedio Yamagata, ambos ascendidos a primera división en 2014, junto con Shimizu S-Pulse, que hizo su debut en el torneo.
Además, Cerezo Osaka ganó el torneo reducido por el tercer ascenso, de manera tal que se transformó en el último ascendido a la máxima categoría.
Una victoria se puntuaba con tres unidades, mientras que el empate valía un punto y la derrota, ninguno.
Para desempatar se utilizaron los siguientes criterios: Los dos equipos con más puntos al final del campeonato ascenderían a la J1 League 2017.
Zweigen Kanazawa ganó por 3 a 0 en el marcador global y se mantuvo en la Segunda División para la temporada 2017, al mismo tiempo que Tochigi S.C.