Milita actualmente en la 2B El equipo filial del Jaén Fútbol Sala pasó a competir en categoría sénior cuando el club consiguió suficiente dinero como para tener un equipo "B" que luchase por estar en lo más alto y conseguir un hipotético ascenso a categoría nacional, es decir, que no sólo sirviese para formar jugadores, sino que pudiese jugar más allá de la provincia de Jaén.
El equipo filial que conocemos hoy en día, se fundó en 2014 y empezó en, la categoría más baja, la Segunda Andaluza.
[2] Este subcampeonato no le permitía poder luchar por el ascenso a Tercera División, sin embargo, el campeón de liga, el Tito Candi C. D. renuncia a disputar el play-off de ascenso por lo que este puesto pasa al filial jiennense.
[3] En la temporada 2017/18 hace su debut en la Tercera División, ocupando puestos altos y peleando el título de liga hasta las jornadas finales, donde cae a la 6.ª posición.
La temporada 2019/20 se estrena en la Segunda División B realizando un gran papel, consiguiendo su mejor clasificación al final de la primera vuelta, siendo 2.º.