Su primera condena por asesinato llegaría en 1974, aunque sería liberado en 1990 gracias a una campaña de intelectuales y políticos, con lo que se exhibía a Unterwerger como un ejemplo de rehabilitación.
Unterweger se suicidaría en la prisión después de ser condenado a cadena perpetua.
En la prisión, Unterweger escribió pequeños cuentos, poemas, obras de teatro y su autobiografía, Fegefeuer – eine Reise ins Zuchthaus, que sería pasado al cine.
Unterweger conoció a un policía local de la ciudad norteamericana y lo acompañó durante las patrullas por el distrito rojo.
Esa misma noche, se suicidó colgándose en su celda con una soga hecha por los cordones de sus zapatos y su cinturón, con un nudo similar al empleado para matar a sus víctimas.