Desde junio de 2001 dirigió a la selección absoluta, reemplazando en el cargo al argentino Enzo Trossero.
Su nombramiento como entrenador de la selección helvética no fue a gusto de todos, pero llevó a la selección centroeuropea a la Eurocopa 2004 y al Copa Mundial de Fútbol de 2006, pasando a octavos en el último campeonato.
Según estos datos, es el segundo mejor técnico de todos los tiempos de Suiza tras Karl Rappan.
Suiza había tenido unas últimas actuaciones desacertadas, muchos críticos han apuntado que su anuncio de abandonar el cargo tras la Eurocopa tendrá consecuencias negativas en el éxito de la selección en el torneo.
Ottmar Hitzfeld se hizo cargo de la selección suiza tras la Eurocopa.