Fue nieto de Thuwaini bin Said, sultan de Oman.
En el año 1900 se casó con la princesa Matuka bint Hamud Al-Busaid, hija del sultán Hamud ibn Mohammed de Zanzíbar y hermana del sultán Alí II, su predecesor.
Accedió al trono en el año 1911, cuando el sultán Alí II abdicó debido a su enfermedad en su hijo Sayyid Soud ibn Alí.
Debido a la corta edad del príncipe Soud, Khalifah se convirtió en el regente y posteriormente asumió el poder de sultán.
Fue sucedido por el mayor de sus hijos supervivientes, Abdullah ibn Khalifa Al-Busaid.