Al volante de un Honda Accord oficial, obtuvo una victoria y siete podios, con lo cual terminó en la quinta colocación final.
En 2000, el piloto obtuvo una victoria y cuatro podios que lo relegaron a la novena posición en el clasificador final.
En un año dominado por Triple Eight, el inglés terminó tercero por detrás de Jason Plato e Yvan Muller, logrando cuatro victorias y 20 podios en 26 carreras.
También obtuvo dos podios en cuatro carreras del Campeonato Europeo de Turismos, donde participó para JAS con un Honda Accord.
La situación volvió a revertirse en 2004, ya que Thompson se alzó con la corona ante Muller, al acumular cuatro victorias y 14 podios.
Por un lado disputó el Campeonato Mundial de Turismos, donde terminó nuevamente octavo pero sin lograr ninguna victoria.
Continuando en 2008 como privado en N.Technology pero ahora con un Honda Accord, el piloto obtuvo una victoria y un podio, pero puntuó en solamente seis carreras, de modo que quedó 15.º en el clasificador final.
Además, finalizó tercero en el Campeonato Danés de Turismos para Hartmann, al obtener cuatro triunfos y nueve podios en 15 carreras.
En 2010, Thompson ganó dos carreras del Campeonato Danés de Turismos, a la vez que obtuvo la Copa Europea de Turismos para Hartmann, superando a Michel Nykjær y Tomas Engström al sumar una victoria y podios en las seis carreras.
En 2014 puntuó en ocho de 23 carreras, destacándose un sexto puesto y un séptimo en Goldenport, por lo que acabó 15.º en la clasificación general.