Recibió su educación en la Real Academia Militar y sirvió en Irlanda, donde en 1851, a los diecisiete años, conoció a Charles Bradlaugh, de dieciocho años, quien ya era famoso como librepensador, habiendo publicado su primer panfleto ateo un año antes.
Más de una década después, Thomson abandonó el ejército y se trasladó a Londres.
Permaneció en contacto con Bradlaugh, que para entonces estaba dirigiendo la revista semanal National Reformer, una "publicación para el trabajador".
Durante el resto de su vida, desde 1863, Thomson envió historias, artículos y poemas a varias publicaciones, entre ellas el National Reformer, que publicó el sombrío poema que es su obra más conocida.
Cada vez más aislado de sus amigos y la sociedad en general, incluso se volvió hostil a Bradlaugh.