Jan Šimůnek (Praga, República Checa, 20 de febrero de 1987) es un futbolista checo.
Juega de defensa y su actual equipo es el Vasas SC de la NBI.
Šimůnek empezó jugando en diferentes equipos juveniles en Suiza y luego más tarde, en su país, en las categorías inferiores del Sparta Praga, aunque nunca llegó a debutar con el primer equipo.
Su carrera profesional comenzó cuando el SK Kladno se fijó en él y consiguió que el Sparta lo cediera durante una temporada.
En 2007 se marcha a jugar al fútbol alemán con el VfL Wolfsburgo, equipo que pagó por él 4,5 millones de euros.