Su primer destino, entre 1994 y 1999, fue la Misión de Eslovenia ante las Naciones Unidas en Nueva York.
[2][3] De 2000 a 2001, Lenarčič trabajó como asesor del ministro de Asuntos Exteriores y primer ministro Janez Drnovšek.
[2] En 2014 Lenarčič fue nombrado secretario de Estado en el gabinete del primer ministro esloveno Miro Cerar.
[2] En 2016 se trasladó a Bruselas como representante permanente de Eslovenia ante la UE.
[2] En 2019, Lenarčič fue propuesto por el primer ministro Marjan Šarec para el puesto de comisario europeo de Eslovenia en la Comisión dirigida por Ursula von der Leyen.