De acuerdo con las primeras investigaciones científicas, se propuso una hipótesis que indicaba que los árboles eran los mismos creadores de los jardines por medio de alelopatía, más tarde se descubrió que en realidad se forman cuando una hormiga reina coloniza un árbol aislado, sus obreras hacen nidos en tallos huecos adaptados por el propio árbol, llamados domacios.
Las hormigas eliminan constantemente la competencia del árbol mordiendo y envenenando con ácido fórmico los retoños de otras especies hasta que mueren.
[3] Los jardines del diablo pueden estar dominados por diferentes especies de árboles según la región en la que se encuentran.
En el sureste de Perú, los jardines están dominados por Cordia nodosa (Boraginaceae) y ocasionalmente se mezclan con Tococa occidentalis (Melastomataceae).
[4] En terrenos más altos, Tapirira guianensis (Anacardiaceae) se puede encontrar dominando los jardines.