Javi Avilés comenzó su carrera como sénior en el C. D. Coslada en 2015, fichando un año después por el Atlético Baleares en la Segunda División B.
[4] A final de temporada se terminó marchando al Rayo Cantabria.
[7] El 27 de junio de 2020 marcó su primer gol como profesional en la Primera División, en la derrota por 2-1 del Leganés frente al C. A.
[8] A mediados de 2021 renovó su contrato con el C. D. Leganés hasta el año 2026.
[10] Acumuló dos cesiones más en la temporada 2023-24 con la S. D. Amorebieta, donde iba a seguir compitiendo en la Segunda División,[11] y el Málaga C. F.[12] El 30 de agosto de 2024 llegó a un acuerdo para rescindir su contrato con el C. D.