Está casado con la exintendenta de Ciudad del Este, Sandra María McLeod.
Por ese partido fue elegido diputado suplente por el Alto Paraná, asumiendo el cargo luego de la muerte del titular.
[3] En 2006 renunció brevemente al cargo para buscar su reelección en este, lo reemplazó Carlos Núñez.
Desde 2007, diversos miembros del círculo cercano de Javier Zacarías Irún han ocupado posiciones de autoridad en el ámbito público, tanto a nivel regional como nacional, lo que ha sido conocido mediáticamente como el "clan Zacarías".
[6][7][8] Entre los miembros más destacados se encuentran su cónyuge, Sandra McLeod, su hermano, Justo Zacarías Irún, y su cuñada, Rocío Abed.