Además trabajó durante cuatro años como encargado del proyecto de la Estación Espacial Internacional.
[6] Durante la crisis del Apolo 13, Greene jugó un rol menos preponderante.
[1] Luego del fin del Programa Apolo, Greene trabajó durante dos años como Coordinador de Seguridad de Rango, planificando los procedimientos que deberían ponerse en práctica en caso de que ocurriera algún incidente con la trayectoria del transbordador espacial durante el lanzamiento.
[8] As a flight director, Greene specialized in the ascent shift, considered to be one of the most demanding and dangerous phases of a mission.
[11] La NASA adoptó una política de mínima relación con la prensa en los momentos inmediatos al accidente.
Al día siguiente, el New York Times relata que ni Jay Greene, director de vuelo para el ascenso, asi como ninguna otra persona del Centro de Control, fueron puestas a disposición de la prensa por parte de la agencia espacial[12] Greene apareció sin embargo en una conferencia posteriormente durante ese día, y respondió preguntas acerca del accidente.
La división había sido creada luego del siniestro del Challenger por recomendación de la Comisión Rogers, la cual consideró su formación como clave en crear una nueva y más vigorosa "cultura de seguridad" en la NASA.
En los siguientes años, entre otras posiciones, trabajó como administrador asociado para la exploración en las oficinas centrales de la NASA en Washington D. C. desde 1991 a 1993.
"Fue un increíblemente buen sentimiento", dijo posteriormente, "ser responsable de cuatro transbordadores.
[15] Desde 1996 hasta 2000, Greene fue Gerente de desarrollo técnico para la Estación Espacial Internacional.
También tuvo participación en episodios del documental de la BBC NASA: Triumph and Tragedy.