[1] El 23 de octubre de 2000, fue acusado por el Tribunal Penal Internacional para Ruanda junto con el político Ferdinand Nahimana y Hassan Ngeze, director y editor de la revista Kangura.
Barayagwiza se negó a participar en el juicio, afirmando que los jueces no eran imparciales.
El 3 de diciembre de 2003, al ser condenado a 35 años de cárcel (fue sentenciado a 27 años, dado al período que duró el juicio), él anunció que iba a apelar su condena.
El 30 de noviembre de 2004, se le asignó a Donald Herbert y Tanoo Mylvaganam como abogados defensores.
Alfred Pognon fue llamado abogado defensor ''adjunto'' de Barletta Caldarera.