Tras estudiar en la École normale supérieure Beaufret logró la agregación de filosofía en 1933.
Inicialmente se interesó por la filosofía alemana del siglo XIX, así Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Johann Gottlieb Fichte y Karl Marx.
Por otro lado, antes de la Segunda Guerra Mundial conoció y trató a figuras como Paul Éluard, Maurice Merleau-Ponty, André Breton y Paul Valéry.
Beaufret le habló a Heidegger sobre el desarrollo del existencialismo en Francia, y Heidegger escribió para responderle su Brief über den Humanismus (Carta sobre el humanismo).
Entre sus principales díscípulos están François Fédier y Pierre Jacerme.