Pasó los años siguientes estudiando filosofía y teología antes de ser ordenado sacerdote en 1575.
[1]: 5 Durante la conquista, Akbar trasladó su residencia permanente a Agra, proporcionando una estabilidad que permitió al padre Jerónimo «dedicar gran parte de su tiempo a la creación de una literatura religiosa cristiana escrita en lengua persa».
Si bien la conversión del emperador parecía poco probable, Jerónimo «tenía grandes esperanzas»[1]: 7 para su hijo Salim, nacido en 1569, nombrado como muestra de respeto hacia el jeque místico sufí Salim Chishti (1478-1572), cuya hija había amamantado a Salim cuando era niño -descendientes del famoso jawaya Moinuddin Chishti (1141-1230), cuya tumba está en Ajmer (Rayastán).
Si bien el «final de la misión parecía evidente»,[1]: 12 la paz se restableció en 1615 y la misión reanudó su actividad anterior a la guerra, aunque sin el padre Jerónimo, que por primera vez desde su partida regresó a Goa, «un hombre roto».
Los últimos años de la vida del padre Jerónimo los pasó retirado en Goa.
Deseaba mucho volver a España, aunque no poseía «la salud y la fuerza necesarias para los trabajos en ese país».
Jerónimo Javier produjo una ingente obra apologética en cuatro idiomas: portugués, castellano, persa y latín.