El mismo año 1626, representó, en calidad de dignatario, a Felipe IV en las Cortes Catalanas.
Examinado el escrito de defensa por cuatro calificadores del Santo Oficio, estimaron unánimemente que Villanueva no merecía censura, pues no había pecado obrando con buena fe al dejarse guiar por su director espiritual y, en consecuencia, el 30 de junio el Consejo de la Suprema decretó que «por lo que toca a este sujeto, no toca al Santo Oficio el proceder en esta causa, por no tener calidad de oficio», lo que equivalía a su libre absolución.
[5] Sin embargo, tras la caída de Olivares y aunque algunos años antes las monjas había sido definitivamente absueltas, en 1643 se reabrió con obvias implicaciones políticas el proceso contra Villanueva.
Logró así aplazar la lectura de la sentencia en un primer momento.
En su testamento pedía que su cuerpo fuese trasladado a la iglesia del convento de San Plácido, del que dejaba como patrón a su sobrino, también llamado Jerónimo.