Le llegaron a acusar de que mediante un retransmisor había contactado con los republicanos.
En un informe posterior el obispo calificó al padre Jeroni Alomar como «díscolo» e «izquierdista», justificando su asesinato.
Un tío suyo, Gabriel Alomar que actuó como su defensor legal, lo acompañó hasta el último momento y estuvo presente en el fusilamiento.
No se celebró ningún funeral en su pueblo ni su muerte apareció reseñada en el Boletín Oficial Eclesiástico del Obispado.
Los falangistas confiscaron la casa que la familia Alomar tenía en La Puebla y la convirtieron en un cuartel.