En la Major League Baseball jugó para los Washington Nationals.
En tres temporadas en ligas menores, Flores bateo .257 (230-por-895) con 33 cuadrangulares y 140 RBI en 250 partidos jugados.
Tres días después, el 19 de abril, hizo su segunda salida, y recogió sus primeros éxitos: se fue 2-3 con un pasaporte, dos dobles y dos carreras impulsadas.
Durante el receso de la temporada 2007-08, Flores jugó para los Navegantes del Magallanes en la Liga Venezolana de Béisbol Profesional.
El Gerente General Mike Rizzo ha indicado que será un mínimo de tres meses, y posiblemente para el resto de la temporada.