Jesús Rubio empezó su carrera deportiva en la U.P. Plasencia, y a los 15 años fue contratado por el Villarreal Club de Fútbol.
La siguiente temporada, comenzó en el Juvenil A, siendo convocado en algunas ocasiones para jugar con el Villarreal CF B.
En las dos siguientes temporadas formó parte del filial amarillo, realizando la pretemporada con el primer equipo del Villarreal CF en la temporada 2006-2007 debutando en un amistoso frente al RCD Español.
Protagonizó la anécdota de la temporada cuando fue castigado por imitar a Panenka[2] al haber entrado al inicio de la segunda parte y siendo sustituido a los pocos minutos.
[4] Llegó al Almería "B" con el objetivo de ascender a la Segunda División B de España, objetivo que se consiguió tras finalizar en 4.ª posición.