[1] Jhoanner se formó en las inferiores de Independiente del Valle desde la categoría sub-12, desde 2017 ya jugaba en la reserva del equipo rayado y en 2019 tuvo su debut en el fútbol profesional ecuatoriano, jugó en la Copa Ecuador el partido de vuelta válido por los dieciseisavos de final ante Orense Sporting Club, siendo el único partido que disputó en esa temporada.
[2] En 2020 fue parte del equipo sub-20 que quedó campeón de la Copa Libertadores de la categoría siendo una de las piezas claves del equipo, en esa temporada jugó en la filial del club, Independiente Juniors.
[4] En la temporada 2021 se consolidó en el equipo de primera y fue campeón de la Serie A al derrotar en la final al Club Sport Emelec, fue titular tanto en la ida como en la vuelta.
En 2022 volvió a disputar la Copa Libertadores sub-20 siendo una de las figuras del club en el torneo.
[7] En julio de 2023 es cedido por seis meses a Independiente del Valle.