En 2011 se fue a las divisiones menores del AC Milan de Italia.
[1] Durante la pretemporada previa al Torneo Finalización 2013, recibió una invitación por parte de Juan Carlos Osorio para comenzar a entrenarse con el primer equipo de Atlético Nacional.
Hizo parte del plantel que se consagró subcampeón de la Copa Sudamericana 2014 ante el River Plate de Argentina.
En 2015 Jhon Sánchez se fue a préstamo al Deportivo Rionegro, club donde debutó en Primera B y se volvió pieza fundamental.
[2] Concluye su participación con el equipo Petrolero con un saldo de 19 juegos disputados (Liga y Copa) y una anotación realizada durante la Copa Colombia 2016 en un partido frente a Real Santander.