[2] El poblado de Jiquilisco es de origen lenca, su nombre original era Xiriualtique (también mencionado como Xiribaltique) qué significa "lugar en la bahía de las estrellas", y que sería el lugar donde el conquistador español Pedro de Alvarado construiría sus embarcaciones para ir rumbo al Perú (en 1533) o a las especiarias (en 1539); más adelante, los españoles le darían a la bahía el nombre de Espíritu Santo, y se le daría el nombre actual a la población (que significa en potón o lenca salvadoreño "hombres de añil", ya que viene de xiquilit 'la planta donde se extrae el color añil' e ishko 'hombre').
En el siglo XVIII, de acuerdo a Pedro Cortés y Larraz, existían unas 451 personas.
Notó que el ganado causaban perjuicios en el templo, cabildo, escuela y casas particulares y por esto mandó cercar todo el pueblo a costa de los dueños de ganado.
[5] En la época republicana, Jiquilisco obtuvo el título de villa en 1874, y para 1890 su población ascendía a 1.640 habitantes.
Las fiestas patronales se celebran en el mes de agosto en honor a la Virgen del Tránsito.