En estos viajes Fagundes exploró las islas de St Paul, cerca de isla de Cabo Bretón, la isla Sable, isla Penguin (ahora conocida como isla Funk), Burgeo y San Pedro y Miquelón, que llamó las islas de las Once Mil Vírgenes, en honor de santa Úrsula.
Pero no llegó a realizar el viaje que había preparado de nuevo.
Fue juez ordinario y concejal (vereador da Câmara) de Viana do Castelo cuando en diciembre de 1522 fue reemplazado por su muerte, siendo enterrado en la capilla del Santo Cristo, en la matriz.
En 1607, Samuel de Champlain identificó los restos de una gran cruz («una vieja cruz, toda cubierta de musgo, y casi totalmente podrida»[2]) en lo que hoy es Advocate (Nueva Escocia), en Minas Basin.
Atribuyó la erección de la cruz a Fagundes, quien presumió habría visitado el lugar unas ocho décadas antes.